随着LED照明应用成熟度的提升，LED照明已成为植物工厂不可或缺的一环，相较于传统的卤素灯与萤光灯管，LED光源不仅环保，也同时兼具省电优点，对使用者而言，LED光源的可调控性更是为农业栽植带来更多优势。LED网观察，LED光源的光质与光量皆可控制，可以针对不同品种与种植种类搭配不同波长的LED光源，光量的部分也可以随着日照长短进行补充。另外不能小看这个强化特定波长的效果，与传统光源比起来，LED更能够发挥不同植物需要不同特定波长来补充能量的优势。但是和太阳光相比，LED能量自然还是略逊一筹，但由于夜间没有太阳光，LED光源的补充与强化，正是可缩短植物生产期的原因之一。
LED光源vs 整厂输出
目前市场上LED业者的制造能量为植物工厂LED光源的品质与价格带来一定程度的保障，各家业者多以两种模式切进植物工厂市场，其一是以单独贩售LED光源方式打入植物工厂供应体系，销售LED光源的商业模式较为单纯。LED网指出，业者若是将各种光源的使用方式、搭配种植种类与情境等说明清楚标示，将有助使用者采用。
另一方面，市场上也有越来越多业者走向整厂输出模式，依据使用者需求调配出不同LED光源与环境控制系统，以客制化方式进行整厂输出，以完整解决方案的方式因应客户需求，不仅贩售LED光源，也同步提升整体产品的技术含量与附加价值。
简易温室 vs 全环控
LED网指出，植物工厂大致分成简易温室与整体环境控制(全环控)两种，相较于自然环境，植物工厂初期的建置成本仍是业者采用时的最大考量因素。如果以台湾雨中国大陆东南一代的农业环境为例，业界专家指出，由于气候与土壤环境不差，适合以简易温室方式推行植物工厂，LED光源的补充就能有效提升产能，若以全环控方式推广植物工厂，其实反而会面临到成本过高削弱竞争力的状况。
而全环控的植物工厂，则全面性的进行日照、温度、湿度、养分、水分、二氧化碳等生产环境的整体调控，透过每分钟紧密调节，全天候地量产。全环控植物工厂的建置成本相对高昂，适合用做高附加价值作物与高单价观赏用植物的栽植上。
白光LED vs 红蓝光LED
另一方面，植物工厂的LED光源主流形式也有两种。其一是采用以萤光粉方式混出的白光光源，其二是采用红光LED、蓝光LED与紫外光LED等不同颜色LED去混光或补强植物需要波长的LED照明。关于这点，目前业界仍有不同看法，由于花卉作物行光合作用时吸收的光以可见光和紫外光线为主，也就是说，植物行光合作用时仅需要红蓝光，特别是红光波长分布在650-655nm，以及蓝光波长在450-470nm，能达到的效果最佳，这种植物照明的应用，就适合采用混光形式的LED光源，而不是用萤光粉混合出仿真太阳光的白光LED光源。因此，部分业者推出的植物工厂产品以搭配红蓝光LED为主。
不过，业界目前较多以植物工厂搭配白光LED光源的支持者，以萤光粉混出白光更趋近于太阳光日照模式，市场专家指出，白光的优势在于观察植物耕作时更为便利，加上白光可以搭配不同情境做出光源的转换，也是业者在打造植物工厂时采用白光照明的一大优点。
